1988年12月6日，用友公司在北京市海澱區中關村成立，公司名稱：用友財務軟體服務社。從此，一個以推動企業管理資訊化為使命的民族軟體巨人誕生。

用友專門研發了名為UFO的報表編制軟體，解決財務人員大量煩瑣的工作——編制財務報表。由於該軟體功能強大、使用方便，被會計人員譽為“中國第一表”；該報表軟體在其後的20年不斷升級到Windows平臺、網路平臺，成為中國管理人員使用最為廣泛的專業報表軟體。

1990年，用友財務軟體（DOS版）獲得國家財政部的評審，成為首批獲得財政部資質認證的財務軟體，同時也成為全國會計人員會計電算化資格認證學習最為普及的軟體，推進了中國會計人員資訊化水準的提高。

經過三年的努力，憑藉專業的產品和真誠的服務，用友財務軟體從1991年開始至今的17年中在中國的市場佔有率一直保持第一，成為中國普及會計電算化最成功的財務軟體。

1992年，用友發版基於區域網的網路版財務軟體（V5.0 For DOS），同時，財務軟體的功能也從基本的帳務核算和報表編制延伸到成本核算、固定資產核算、材料核算等所有的財務核算領域，從此，多個財務人員在區域網路上共用資料、協同工作、全面替代手工核算成為可能。

1993年，用友公司的創始人王文京先生當選為北京市政協常委，這不僅是政府部門對用公司在北京高科技產業發展中的肯定，也是用友公司積極參政議政的結果。此後，王文京先生連續當選第九、十、十一界全國人大代表，2007年11月20日當選為中國工商聯副主席。累計向國家提交議案30個以上，並通過各種其他方式為國家高科技產業的發展獻言獻策，為發展民族科技產業不斷貢獻自己的智慧。

1994年，為更好地服務於全國各地的客戶，及時回應客戶的服務需求，用友公司啟動了區域分公司建設戰略。此後用友持續加大區域分公司建設，他們和區域服務經銷商一起，共同構成了用友的全國服務網絡。至目前為止，用友在全國已經擁有41家分子公司、60家客戶服務中心、61家授權服務中心、150家培訓教育中心、3000名服務專家，組成了中國管理軟體業最大的服務網絡。

1995年，基於Windows的用友財務軟體發布上市，並同時獲得財政部評審。這是用友軟件第一次技術平台大升級，他不僅保持了技術上與世界同步，而且將中國的財務軟體帶入了Windows時代，使得中國的企業與世界其他企業一起同步享受圖形界面帶來的方便性與高效率。

1996年，用友推出管理型財務軟體（V6.0 For DOS），這是財務軟體在應用深度上的一次突破，他將財務軟年的功能延深到了管理會計、成本會計、財務分析、財務預算等更深一個層次。

1997年，用友宣布開始從財務軟體向管理軟體的戰徊轉型，並開始研發第一款ERP軟體——U8，該軟體於次年11月發版。同年用友公司入駐位於北京新技術中心上地的用友大廈，完成了公司自身的第一次跨越性發展。至此，迎來了用友的管理軟體時代，4年後，用友軟件不負眾望，成為中國最大的管理軟體廠商。

1998年，開始研發面向集團企業的高階管理軟體NC，以適應互聯網發展的要求。該軟體採用JSEE技術和大型資料庫，全面支援集團管理控，2年後的5月，NC1.0版發布。基於該軟體，開始了用友在高階管理軟體領域與國外竟爭對手同台軟量的歷程，2006看，NC成為中國集團管理軟體第一品牌，為中國集團企業管理資訊化立下了汗馬功勞。

1999年，用友推出中國最早的管理軟體應用平台（UAP），該平台是用友管理軟體的設計平台、項目實施平台，也是用友的商業開發伙伴開發增值應用、擴充其他應用的軟體整合開發平台，還是客戶進行二次開發、靈活應對經營管理的變化、不斷豐富產品功能的客戶化平台。

2000年，國內唯一一家軟體企業博士後流動站“用友企業應用軟體博士後流動站”設立，用友公司成為培養國家高級軟體人才的重要基地。

2001年5月18日，北京用友軟件股份有限公司於上交所上市，當日股價突破每股100元，募集資金8億多元。上市後的用友，有了更強的實力，能夠更快、更多、更好地服務於客戶。

2002年，用友在ERP市場以21.6%佔有率首次超過國外SAP軟體在國內的市場佔有率，國內位居首位，不僅為中國客戶節省了購買國外軟體大量的外匯資金，而且為ERP在中國的普及打下了堅實的基礎。此後，用友在中國管理軟體市場的佔有率不斷增加，每年增加的客戶數量均在5萬以上，5年後用友的市場佔有率幾乎是第二名的兩倍，成為中國普及ERP軟體的主力廠商。

2003年，為進軍電子政務軟體市場，用友投資著名軟體公司安易，投資後的公司更名為用友政務公司，專門從事“金財工程”等國家“金”字號電子政務軟體的開發、推廣和服務，3年後，用友政務公司成為國內市場佔有率最高的財政軟體廠商，為我國財政資訊化建設做出了世大的貢獻。

2004年，用友啟動國際化戰略，產品開始向海外推廣。同時，用友香港公司、用友日本公司、用友美國公司等境外分支機構陸續成立。次年，為適應國際化的需要，用友的英文名稱由UFSOFT改為UFIDA。用友的國際化戰略不僅使得中國企業在海外的分支機構可以享受用友快捷的服務，而且，可以同時引進國外先進的管理模式用於中國本土企業的管理資訊化過程中。用友的國際化戰略在2005年就取得初步成效，其結果是用友躍居亞太本土最大管理軟體供應商。

2005年12月8日，用友公司的客戶服務呼叫中心4006600588正式開通，這是用友為快速、專業回應客戶的服務需求而設立的中國第一家管理軟體呼叫中心。至今為止，用友累計為客戶提供了185萬次以上的電話服務，並幫助用友連續3年獲得“中國IT使用者滿意度年會”使用者滿意度大獎。

2006年，用友成立行動商務公司，宣布挺進行動商務領域，致務於賂企業客戶提供行動商務、行動管理解決方案和應用服務。行動商務公司推出的“行動商街”是我國第一個大型全功能行動電子商務平台，企業可以隨時隨地通過行動商街開展營銷活動，並且將營銷管理延伸到個人手持終端。

2007年3月22日，用友軟件園開園，這是亞太地區最大的軟體園，也是用友實現世界級軟體企業的基地。用友的使命就是把基於先進資訊技術（包括通信技術）的最佳管理與業務實踐普及到企業的管理與業務創新活動中。用友已經成為中國客戶值得信賴的長期合作伙伴，用友軟件園將使得用友具備成為世界客戶值得信賴的長期合作伙伴的搖籃。

2008年4月18日，全球第一款完全基於SOA架構的企業管理軟體UFIDA U9在北京發布上市，這是一款世界級的管理軟體，它以“全球商務、即時企業”為理念，全面支援多地點、多組織、多工廠、多語言、多稅制的國際化經營，目標是幫助中國更多的企業實現世界級的夢想。